פיגמנטים אורגניים ואי-אורגניים מובחנים על סמך מקורם ותכונותיהם הכימיות.
מקור: פיגמנטים אורגניים מופקים או מסונתזים מבעלי חיים, צמחים, מינרלים או תרכובות אורגניות מסונתזות באופן מלאכותי. פיגמנטים אנאורגניים מופקים או מסונתזים מעפרות, מינרלים או תרכובות אנאורגניות סינתטיות.
תכונות כימיות: המולקולות של פיגמנטים אורגניים מורכבות לרוב ממבנים מורכבים המכילים פחמן, וצבעם נקבע על פי המבנה הכימי של התרכובת האורגנית. המולקולות של פיגמנטים אנאורגניים מורכבות בדרך כלל מיסודות אנאורגניים, וצבעם נקבע על פי תכונות ומבנה היסודות.
יציבות: פיגמנטים אנאורגניים הם בדרך כלל יציבים יותר מפיגמנטים אורגניים ועמידים יותר לאור, חומצה, אלקלי וחום. פיגמנטים אורגניים עשויים להתפרק או לשנות צבע בתנאים מסוימים. טווח צבעים: בשל הבדלים במבנה הכימי שלהם, לפיגמנטים אורגניים יש בדרך כלל טווח צבעים רחב יותר, המאפשר צבעים חיים יותר. לפיגמנטים אנאורגניים טווח צר יחסית של צבעים. תחומי יישום: פיגמנטים אורגניים מתאימים לצבעים, צבעים, פלסטיק, נייר ותחומים נוספים. פיגמנטים אנאורגניים נמצאים בשימוש נרחב בקרמיקה, זכוכית, פיגמנטים, ציפויים ותחומים אחרים.

יש לציין שגם לפיגמנטים אורגניים וגם לפיגמנטים אנאורגניים יש יתרונות ומאפיינים משלהם, והבחירה באיזה פיגמנט להשתמש תלויה בצרכי היישום הספציפיים ובאפקט הרצוי.